食物繊維と腸内環境

炭水化物は、いくつもの糖が連なってできた栄養素ですが、その繋がり方の違いから、糖質（デンプン）と食物繊維に分類されます。動物は消化酵素の働きでデンプンを分解し、糖として体内に吸収し、エネルギーなどとして利用します。一方、消化酵素では分解されない食物繊維ですが、腸内細菌は、これを分解して利用することができます。微生物の働きで味噌やお酒を作る反応は発酵と呼ばれます。食物繊維は、腸内細菌による利用のされやすさを指標に、発酵性の早いものは可溶性（水溶性）繊維、遅いものは不溶性繊維と呼ばれます。どちらが良いと言うわけでなく、腸内では、それぞれ違った働きがあります。

発酵により産生された短鎖脂肪酸（酪酸など）は腸内環境に影響を与えます。いわゆる悪玉菌より善玉菌が生育しやすい環境を保つのに役立つとともに、腸粘膜の細胞ではエネルギーとしても利用されます。
食物繊維は便の形成にも関係します。不溶性繊維は、腸の運動性と内容物の通過時間を正常に保つことや、腸管内の水分保持にも役立ちます。一方、発酵性の高い可溶性繊維は、腸の内容物と混ざると柔らかくなり（ゲル化して）消化管内を流れやすくなり、便秘しやすい犬で排便を促すのに役立ちます。
オリゴ糖のように消化されず、大腸に共生する有益な細菌の選択的な栄養源となり、動物の健康の増進や維持に役立つ成分はプレバイオティクスと言われています。一方、乳酸菌などの善玉菌はプロバイオティクスと呼ばれています。腸内細菌叢を正常に保つことで、動物の健康維持に寄与すると、近年、この両者の働きが注目されています。